Als Nachwirkungen dieser Geschehnisse erlebte auch das Museum entscheidende Veränderungen. Nicht nur, dass es in „Staatliches Museum“ umbenannt wurde, es wurden auch viele Werke aus dem Depot der Eremitage nach Moskau ausgelagert bzw. an verschiedenste Museen in der russischen Provinz weitergegeben. Damit sollten der Geist und die Ideale der Aufklärung auch auf dem Lande festgeschrieben und die Bedeutung der neuen Hauptstadt Moskau gestützt werden. Als weiterer Schritt wurde der Palast für Lesungen, Vorträge und Filmvorführungen geöffnet und 1920 eine erste Ausstellung über das antike Ägypten präsentiert. So war ab 1922 der gesamte Palastbereich für das Publikum geöffnet und konnte in den ersten 5 Jahren sogar kostenlos besucht werden.

Allerdings machte sich in den Folgejahren eine finanzielle Krise in Russland breit, so dass das Außenhandelsministerium der UdSSR im Jahre 1925 entschied, Kunstwerke gegen Devisen in andere Staaten zu verkaufen. Im Zuge dessen verließen zwischen 1928 und 1933 2.880 Meisterwerke, darunter 250 Hauptwerke und 50 Gemälde von Weltgeltung die Bestände der Eremitage und wurden unter anderem nach Armenien und in die USA abgegeben. Einer der Käufer war der amerikanische Bankier und Finanzminister Mellon, dessen Nachlass 1941 bei der Gründung der National Gallery in Washington D.C. einen wesentlichen Bestandteil ausmachte.

Doch nicht nur Privatpersonen interessierten sich für die Bilder, sondern auch verschiedenste Museen und so finden sich heute u.a. herausragende Werke aus dem ehemaligen Besitz der Eremitage in den folgenden Ausstellungszentren wieder: Tiepolos Fest der Kleopatra in die National Gallery of Victoria in Melbourne, Poussins Triumph des Neptun und der Aphrodite im Philadelphia Museum of Art, Rembrandts Petrus verleugnet Christus und Antonio Moros Porträts Sir Thomas Gresham und Anne Fernley im Amsterdamer Rijksmuseum sowie Jan van Eycks Kreuzigung und Jüngstes Gericht im New Yorker Metropolitan Museum.

Während des zweiten Weltkrieges litt die Sammlung sehr unter der deutschen Belagerung. So wurde die Eremitage von 17 Artilleriegeschossen und 2 Fliegerbomben getroffen. Während dieser Zeit hielten sich 12.000 Menschen permanent in den Räumlichkeiten auf, um die Kunstgegenstände gegen äußere Einflüsse wie Nässe, Feuer, Kälte und Kriegsbeschädigungen zu schützen. Ein Teil der Sammlungen wurde in den Kellergewölben unter der Anlage eingelagert, über 1 Million weiterer Exponate brachte man nach Jekaterinburg, wo man hoffte, sie in Sicherheit bringen zu können. Dennoch gelang es den deutschen Truppen, verschiedenste Werke an sich zu bringen, die nach dem Ende des 2. Weltkrieges jedoch wieder nach Russland gelangten. Allerdings enthielt die Rückführung nicht nur ehemals russische Besitztümer, sondern war auch von deutscher Beutekunst geprägt und so findet seit 1990 ein reger Austausch mit dem vereinten Deutschland statt, in welchem teilweise Kunstschätze von Russland nach Deutschland transferiert werden wie auch von Deutschland nach Russland. Allerdings fand der erste Austausch bereits 1955 statt. Eine weitere spektakuläre Rückführung gab es 1958, als über 300 Güterwaggons aus der damaligen Sowjetunion in die Deutsche Demokratische Republik verbracht wurden, um sie dort erneut der Öffentlichkeit zu präsentieren. Eines der letzten Beispiele von Rückgaben ist u.a. eine Kommode sowie ein Mosaik aus dem ursprünglichen Bernsteinzimmer, welche in Deutschland aufgefunden worden waren und im Jahre 2000 an den russischen Staat zurückgegeben wurden.

Trotz der langen Belagerung war es möglich, einen nicht unerheblichen Teil der Kunstschätze zu retten und so konnte bereits am 7. November 1944 eine Wiedereröffnung mit den verbliebenen Meisterwerken stattfinden. Offiziell wurde die Eremitage dann mit allen Ausstellungsstücken allerdings erst am 5. November 1945 dem Publikum zugänglich gemacht.

Seit der Öffnung Russlands zum Westen und dem Fall des Eisernen Vorhangs hat die Eremitage langfristige Zusammenarbeiten mit den verschiedensten Museen in der Welt entwickelt. Hervorzuheben wäre beispielsweise die enge Kooperation mit der Solomon R. Guggenheim Foundation und dem dazugehörigen Guggenheim Hermitage Museum in Las Vegas. Außerdem besteht ein unmittelbares Zusammenwirken mit der Hermitage Amsterdam sowie den Hermitage Rooms im Courtauld Institute of Art in London.

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