Nachdem die Kisten zunächst in Sankt Petersburg eingelagert worden waren, fand Zarin Elisabeth, die Tochter Peters des Großen und Nachfolgerin ihres Vaters, die Kostbarkeiten wieder und sorgte dafür, dass diese im Winterpalast angebracht wurden. Wenig später entschied sie sich jedoch dafür, diese im Katharinenpalast zur Schau zu stellen. Da jedoch das dafür vorgesehene Zimmer größer war als die ursprünglich in Berlin vorhandenen Räumlichkeiten, musste das Kunstwerk umgearbeitet werden. Dafür beauftragte Elisabeth den Hofarchitekten Bartolomeo Francesco Rastrelli, der es mit Spiegelpilastern und vergoldeten Schnitzereien derart umgestaltete, dass man meinen konnte, es wäre nie anders hergestellt worden.

Während der deutschen Invasion wurde der Katharinenpalast im September 1941 von der Deutschen Wehrmacht besetzt und als Wohnunterkunft sowie Militärverwaltung genutzt. Zunächst versuchten die russischen Besitzer die Kostbarkeiten zu evakuieren, was sich jedoch als sehr zeitintensiv herausstellte, da die Befestigung nur stückweise gelöst werden konnte. Nachdem die ersten Teile zerbrochen waren, entschied man sich daher dafür, das Bernsteinzimmer mit alten Lappen und Tapeten zu überkleben. Dies war jedoch nur von kurzem Erfolg gekrönt, da die deutschen Truppen Kunstexperten beschäftigten, die den Trick schnell entdeckten. Am 14.10.1941 erging der Befehl durch Reichsleiter Rosenberg, dass Bernsteinzimmer unter Aufsicht des Rittmeisters Graf Solms-Laubach und Hauptmanns Dr. Georg Poensgen innerhalb von 36 Stunden zu demontieren, es in 27 Kisten zu verpacken und nach Königsberg zu transportieren, um es dort als Beutekunst und Teil der Prussia-Sammlung zu präsentieren. Bereits am 13.11.1941 berichteten dann die Zeitungen in Königsberg ausführlich von einer Ausstellung, in der Stücke des legendären Bernsteinzimmers zu sehen seien. Dort befand sich das Kunstwerk dann bis 1944, bis es wegen eines Feuers wieder demontiert wurde und im Kellergeschoss eingelagert wurde. Ab da verliert sich die Spur des Bernsteinzimmers. Zwar wurde Königsberg erst Ende Januar 1945 evakuiert, unklar ist allerdings, ob in diesen Tagen auch das Kunstwerk seinen Weg nach Deutschland nahm. Auch gibt es unterschiedlichste Berichte über den Verbleib, so behaupten die einen, dass es in den zerstörten Katakomben des Königsberger Schlosses liegen würde, andere meinen, sie hätten die Verladung von Kisten beobachtet, die nach Deutschland gebracht werden sollten. Wiederrum andere sagten aus, dass es wohl in den Kriegsgeschehnissen verbrannt sei. Seither ranken sich die verschiedensten Mythen, Spekulationen und Vermutungen um das „Achte Weltwunder“. Diejenigen, die meinen, dass es nach Deutschland überführt worden sei, suchen bis heute nach Überresten des Kunstwerkes. Als mögliche Orte des Verbleibs kommen neben dem Wrack der Wilhelm Gustloff auch einige Burgen in Frage, aber auch die Einlagerung in verschiedensten Bergbaustollen wird nicht ausgeschlossen.

Heute beherbergt der Katharinenpalast eine originalgetreue Kopie des einstigen Bernsteinzimmers, welche 1976 in Auftrag gegeben und im Jahr 2003 feierlich übergeben wurde. Das zumindest einige Teile des Meisterwerkes die Wirren des zweiten Weltkriegs überlebten, ist mittlerweile klar, da im Jahr 2000 eine Kommode und ein Mosaik an den russischen Staat zurückgegeben wurden, die in Deutschland aufgefunden wurden. So soll die Kommode zunächst in Leipzig aufgetaucht sein. Anschließend sei sie in den Kunsthandel geraten, den die Deutsche Demokratische Republik unter dem Deckmantel der Staatssicherheit und dem Devisenbeschaffungs-Imperium „Kommerzielle Koordinierung“ betrieben haben soll. Danach verlor sich die Spuren zunächst wieder, bis eine Frau aus Berlin einen Fernsehbericht über die Restaurierung des Bernsteinzimmers gesehen haben soll und darin wohl ihre Kommode erkannte. Sie teilte dies daraufhin dem Nachrichtenmagazin „Spiegel“ und den deutschen Behörden mit, welche dann die Rückgabe nach Russland in Angriff nahmen. Das Mosaik tauchte eher durch Zufall auf dem deutschen Kunstmarkt auf. Es soll durch einen Wehrmachtangehörigen entwendet worden sein, der es bis zum Ende seines Lebens in seiner Wohnung verwahrt haben soll. Dann habe es der Sohn über einen Notar zum Kauf angeboten, wo es durch verdeckte Fahnder beschlagnahmt worden sei.

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