Die Geschichte Balis ist geprägt von Eroberung, Handel und Hinduismus, aber auch von Vernichtung und Tod.
Die ersten Überlieferungen der Insel stammen von einem buddhistischen Mönch, der im 6. Jahrhundert Asien durchstreifte. Dabei traf er auf ein Gebiet, mit dem Namen "Po`li", welches aus 136 Ortschaften bestand und angeblich von einem Herrscher regiert wurde, der von Hindu-Gottheiten abstammte.
Ab dem 10. Jahrhundert eroberten javanische Könige regelmässig die Insel und schlugen sie ihren Hoheitsgebieten zu.
Im Jahre 1343 eroberte Gajah Mada, Premierminister und Oberbefehlshaber des Majapahit-Reiches das Eiland und führte dessen Kultur in Bali ein. Ab diesem Zeitpunkt wurde die Insel mehr und mehr durch Einwanderer aus diesem Reich hinduisiert.
1515 zerbrach das Majapahit-Reich endgültig unter dem Vormarsch des Islam und der letzte Prinz floh mit seinem gesamten Hofstaat, bestehend aus Hindu-Priestern, Künstlern und Militärs nach Bali.
Ab der Mitte des 16. Jahrhunderts stand Bali in voller Blüte. Der Herrscher von Gelgel war sehr stark. Er kontrollierte die Radschatümer des Eilandes und eroberte Sunbawa und Lombok. Diese Zeit wird auch das "goldene Zeitalter" genannt.
Im Jahre 1597 kam der erste holländische Händler nach Bali auf der Suche nach Gewürzen. Ab diesem Zeitpunkt bemühten sich die Europäer stetig um Handelskontakte.
1817 leiteten sie den Agrarhandel über Singaraja und Kuta ein.
Ab 1826 hatten die Holländer einen ständigen Agenten auf der Insel.
Ab 1830 engten die Kolonialherren die balinesische Gemeinschaft immer mehr ein. Sie begannen die Souveränität und die Handelspolitik zu beeinflussen.
1841 strandete eine holländische Fregatte vor Balis Küste. Die Einwohner plünderten das Schiff, da sie auf ihr traditionelles Strandrecht beharrten. Für sie waren das Geschenke der Götter. Daraufhin kam es zu Unruhen zwischen den Holländern und den Balinesen, in dessen Folge die Einheimischen die Europäer herausforderten.
Ab 1846 kam es dann zu den Holländisch-Balinesischen Kriegen. Die Holländer unternahmen ab da mehrere Strafexpeditionen nach Bali.
Im Jahre 1849 starben tausende Balinesen durch die Angriffe. Im Anschluß daran gab es den ersten Puputan. Puputan ist ein ritueller Massenselbstmord, an dem sich der gesamte Hofstaat des Königs inklusive Frauen, Kindern und Greisen beteiligt.
Wie konnte es dazu kommen? Wie bereits erwähnt, mischten sich die Holländer mehr und mehr in das balinesische Leben ein. Sie erwogen, die jahrhundertealte Tradition der Witwenverbrennung zu untersagen und wollten das Strandrecht, welches es schon seit Urzeiten gab, abschaffen. Für die Balinesen ist die Unabhängigkeit jedoch ein Grundbestandteil ihres Lebens. Niemand soll ihnen ihre Ehre oder ihren Stolz nehmen. Wer dies versucht, muss mit heftigster Gegenwehr rechnen. Und selbst wenn der Kampf zwecklos erscheint, werden sie lieber sterben, als sich brechen zu lassen.
Ab 1850 errichteten die Holländer eine "Schutz"-Verwaltung, die die Souveränität über West- und Nordbali übernahm. Sie verboten endgültig die Witwenverbrennung und verwalteten ertragreiche Kaffeeplantagen im Norden des Eilands.
Im Jahre 1904 strandete ein chinesischer Schoner vor der Küste. Die Balinesen plünderten ihn aus und beriefen sich abermals auf ihr Strandrecht. Der Eigner des Schiffes wandte sich an die Holländer und verlangte eine Entschädigung. Die Europäer machten die Forderung bei dem Radscha von Badung geltend, doch dieser blieb hart. Derweil wurde in Tabanan wieder ein Witwe verbrannt.
Daraufhin entsandten die Holländer 1906 eine große Militärexpedition nach Bali, die nach Badung (heute: Denpasar) vorstossen sollte. Als die Europäer die Stadt erreichten, stürmten die Gefolgsleute des Radschas aus ihrem Palast. W. Hanna beschrieb dies in seinem Buch "Bali Profile" wie folgt:
" Sie wurden angeführt vom Radscha selbst, der in seiner, von vier Dienern getragenen Staatssänfte saß, in weisse Totenkleider gehüllt, doch prächtige Juwelen tragend und mit einem großartigen Kris bewaffnet. Dem Radscha folgten Hofbeamte, bewaffnete Wachen, die Priester, seine Frauen, seine Kinder sowie die Untergebenen, ebenso in weiss gekleidet, mit Blumen im Haar, viele von ihnen fast ebenso reich geschmückt und prächtig bewaffnet wie der Radscha selbst. Hundert Schritte vor den überraschten Holländern hielt dieser seine Träger an, stieg aus seiner Sänfte, gab das Signal und die garstige Zeremonie begann. Ein Priester stiess seinen Doch in die Brust des Radschas und andere richteten sich selbst."
Einige Balinesen rannten jedoch in Trance auf die Soldaten zu. Daraufhin eröffneten die holländischen Militärs das Feuer und rissen die Menschen buchstäblich in Stücke. Die Schriftstellerin Vicki Baum schrieb dazu in ihrem Roman "Liebe und Tod auf Bali", der sich diesbezüglich auf historische Quellen beruft, folgendes:
" Hunderte fielen unter den Maschinengewehrsalven des Feindes, weitere Hunderte erhoben ihren Kris und stiessen ihn über dem Schlüsselbein in den Körper, so dass die Spitze das Herz auf die alte, heilige Weise erreichen sollte. Hier und dort konnte man Priester unter ihnen sehen, die ruhig zwischen den Toten umherschritten und heiliges Wasser auf ihre zitternden Körper sprenkelten...."
Dies sollte sich an diesem Tag auch noch ein weiteres Mal in Pemecutan ereignen und zwei Tage darauf ebenfalls am Hofe des Radschas von Tabanan.
Im Jahre 1908 fand der letzte Puputan in Klungkung statt. Nach diesen Gemetzeln gab es für viele Holländer nur noch eine Aussage:"Mein Gott! Was haben wir getan?"
Aufgrund internationalen Drucks räumten die Kolonialherren den Balinesen Sonderrechte ein. Im Gegensatz zu anderen Inseln wurde Bali keine direkte Kolonie, es gab keine Agrargeschäfte mehr, die Bauern wurden vor importierten Massengütern geschützt und es entstand der Ausdruck einer "bewahrenden" Haltung zur balinesischen Kultur.
In den 20er und 30er Jahren des letzten Jahrhunderts entdeckten viele europäische Gelehrte, Künstler und Musiker die Insel und leiteten ein Zeitalter künstlerischer Leistungen ein.
1942 wurde Bali von den Japanern besetzt. Sie landeten in Sanur und blieben drei Jahre.
Im Jahre 1945 erklärte General Sukarno die Unabhängigkeit Indonesiens. Die Holländer versuchten nach der Vertreibung der Japaner eine eigene Zivilverwaltung zu errichten, was zu dem Unabhängigkeitskampf der Indonesier mit den Europäern 1946 führte.
1949 wurde die Unabhängigkeit Indonesiens von Den Haag anerkannt und General Sukarno übernahm das Präsidentenamt. Bali wurde Teil der Republik Indonesien.
1965 kam es in Jakarta zum Putsch. Der Staatsstreich, der den Kommunisten angelastet wurde, wurde zwar vereitelt, doch zogen in Folge dessen die Militärs durchs Land und metzelten ganze Bevölkerungsgruppen hin. Auch auf Bali starben Hunderte Menschen, da man ihnen vorwarf, mit den Kommunisten zu symphatisieren.
Ab 1970 wurde auf Bali die Entwicklung des Tourismus vorangetrieben. Der Ngurah-Rai-Flughafen in Denpasar entstand und die Erschliessung des Nusa-Dua-Komplexes wurde begonnen.
1998 musste der indonesische Staatspräsident Soeharto, welcher das Land seit dem Putsch 1965 regierte, durch den Druck der Bevölkerung zurücktreten. Ausgelöst wurde die Krise durch eine schon länger anhaltende Talfahrt der indonesischen Wirtschaft. Experten sprachen von der schwersten Krise seit den 60er Jahren. Die Inflationsrate lag im Februar 1998 bei über 12 Prozent und die Rupiah fiel auf ein Level von 15.000 zu einem US-Dollar, was einem Einbruch um 80 Prozent entsprach. Außerdem wurde Präsident Soeharto Untreue und Korruption vorgeworfen. In Jakarta und vielen anderen Großstädten demonstrierten Studenten für Reformen und gegen die Regierung. Es wurde geschossen und es gab Tote zu beklagen. In Bali jedoch blieb die Situation entspannt.
Daraufhin kam der ehemalige Vizepräsident Jusuf B. Habibie ins Amt, welcher das Land jedoch nicht sehr lange regieren sollte. Er selbst sah sich auch nur als Übergangspräsident bis zu den Ende 1999 angekündigten Neuwahlen. J.B. Habibie, zuvor 20 Jahre im Kabinett des ehemaligen Staatsoberhauptes Soeharto Forschungs- und Technologieminister, führte erste Reformen im krisengeschüttelten Indonesien durch. Unter seiner Führung wurden die politischen Häftlinge und unabhängige Gewerkschafter aus der Haft entlassen und ein neuer Vertrag mit dem internationen Währungsfond ( IWF ) zur Stützung der wirtschaftlichen Lage Indonesiens unterschrieben.
Nach starken Unruhen, bei denen unzählige Menschen getötet wurden und vielem internationalen Druck kam es am 20. Oktober 1999 zu den angekündigten Neuwahlen. Bei diesen setzte sich der gemässigte Moslempolitiker Abdurrahman Wahid als erster demokratisch gewählter Präsident durch, nachdem J.B. Habibie seine Kandidatur zurückgezogen hatte. Hoffnungsträgerin des indonesischen Volkes war jedoch die Tochter des ehemaligen Staatsführers Sukarno, Megawati Sukarnoputri. Aus diesem Grund gab es nach der Wahl erneut massive Strassenschlachten, denen die Regierung mit einem starken Polizei- und Militäraufgebot entgegentrat. Selbst in Balis Hauptstadt Denpasar, wo es abgesehen von einigen kleineren Protestdemonstrationen zuvor rugig geblieben war, kam es zu gewaltsamen Ausschreitungen gegen Verwaltungsgebäude.
Am 21.10.1999 wurde " Mega ", wie Megawati liebevoll von ihren Fans genannt wird, zur Vizepräsidentin gewählt, was die Situation enorm entspannte. In ganz Indonesien, so auch auf Bali und selbst im Parlament wurden spontan Jubelfeiern veranstaltet.

Im Juli 2001 wurde Präsident Wahid vom Parlament das Amt entzogen, da sich die Vorwürfe mehrten, er sei in zwei grosse Finanzskandale verwickelt. Auch wurde ihm Korruption und Inkompetenz vorgeworfen. Da Gus Dur, wie er von den Indonesiern genannt wird, jedoch nicht von sich aus zurücktreten wollte, entzog ihm der Volkskongress, das höchste Gesetzgebungsorgan des Landes, sein Regierungsmandat. Zuvor hatte er noch versucht seine Enthebung zu verhindern, indem er die Parlamentskammern auflöste und den Ausnahmezustand verhängte. Die Polizeiführung machte jedoch deutlich, dass sie den Anweisungen des Präsidenten nicht Folge leisten werde und das oberste Gericht Indonesiens bezeichnete das Dekret über den Ausnahmezustand als ungesetzlich. Daraufhin trat das Parlament doch zusammen und setzte den Präsidenten ab. Dies ebnete den Weg für die Vizepräsidentin und Megawati Sukarnoputri wurde Präsidentin der Republik Indonesien. In Bali wurde an diesem Tag spontan gefeiert, da ein Großteil der balinesischen Bevölkerung für sie votiert hatte.
Am 12.10.2002 explodierten im Ferienort Kuta mehrere Bomben in bzw. vor den Diskotheken "Paddy`s" und "Sari Club". 202 Menschen kommen uns Leben und mehr als 300 werden verletzt.
Daraufhin erließ Präsidentin Megawati am 18.10.2002 Notstandsgesetze, um hart und entschlossen gegen mögliche Terroristen vorgehen zu können. Dies verschaffte den Behörden weit reichende Befugnisse.
Im August 2003 erging das erste Todesurteil im Hinblick auf den Terroranschlag in Bali. Bisher wurden 3 Todesurteile und eine lebenslange Freiheitsstrafe verhängt. Außerdem wurden Mitwisser und Helfer der Attentäter, welche der radikal-islamischen Gruppierung Jemaah Islamiyah zugerechnet wurden, zu langjährigen Freiheitsstrafen verurteilt.
2004 wählte Indonesien einen neuen Staatspräsidenten. Bei der Wahl im Oktober wurde Megawati Sukarnoputri von Susilo Bambang Yudhoyono (kurz: S.B.Y.) abgelöst, der bis zum Mai 2004 amtierender Minister für Sicherheitspolitik im Kabinett Megawati war, bevor er selbst zurücktrat. Er setzte sich im 2. Wahlgang gegen Megawati durch, nachdem zwar seine Befürworter die Mehrheit bereits erreicht hatten, aber diese nicht absolut war. In einer Stichwahl konnte er sich dann gegen seine Kontrahentin durchsetzen.
Am 1. Oktober 2005 explodierten in Jimbaran und Kuta erneut 3 Bomben, welche per Fernzündung aktiviert wurden. Bei diesen Anschlägen starben mehr als 20 Menschen, größtenteils Indonesier, mindestens 122 Personen wurden verletzt. Die internationale Welt verurteilte die Anschläge als feige, die Vertreter der islamischen Religion als Widerspruch zum moslemischen Glauben. Die Balinesen waren vor allem erschüttert, waren doch ihre Bemühungen, die Insel wieder dem Tourismus näherzubringen, damit gescheitert. Auch hier galt das Umfeld der radikalen Gruppe Jemaah Islamiyah als verantwortlich, aus dem die Täter zu stammen schienen. Aufgrund dieses neuen Zwischenfalls wird die Polizei in Bali weiter gestärkt und die Bemühungen werden im Kampf gegen den Terrorismus ausgeweitet.
In Jakarta begannen im Mai 2006 die Gerichtsprozesse gegen 4 Beschuldigte der Bali-Attentate vom Oktober 2005. Sie werden unter anderem der Beihilfe zum mehrfachen Mordes und Planung der Bombenanschläge beschuldigt. Die Entscheidung steht derzeit allerdings noch aus. Bei einer Verurteilung müssen die Angeklagten mit der Verhängung der Todesstrafe rechnen.
Im November 2008 wurden drei der mutmaßlichen Drahtzieher der Bomben-Attentate von Bali auf der Gefängnisinsel Nusa Kambangan erschossen. Dies teilte der Fernsehsender TV One unter Berufung auf amtliche Quellen mit. Mit der Hinrichtung des 47-jährigen Amrozi Nurhasyim, seines 48-jährigen Bruders Ali Gufron und des 38-jährigen Anführers Imam Samudra, wurden die Todesurteile, welche bereits 2003 verhängt worden waren, vollstreckt. Alle drei galten als Mitglieder der radikal-islamischen Organisation Jemaah Islamiyah, welche sich zu den Anschlägen bekannt hatte.
Nachdem sich Indonesien seit 2002 verstärkt der Terrorbekämpfung verschrieben hatte, ereigneten sich am 17.07.2009 erneut zwei Bombenanschläge in der Hauptstadt Jakarta, die die internationalen Hotels Marriott und Ritz-Carlton zum Ziel hatten. Bei diesen Selbstmord-Anschlägen kamen 8 Personen ums Leben, mehr als 50 weitere Menschen wurden verletzt. Als Drahtzieher wird auch hier die fundamentalisische Gruppe Jemaah Islamiyah vermutet, da einer der Täter ihrem Umfeld zugeordnet werden konnte. Nicht zuletzt aufgrund dieser erneuten Explosionen wurden die Bemühungen der indonesischen Sicherheitskräfte noch einmal intensiviert. So fanden am 08.08.2009 verschiedene Razzien auf der Insel Java statt, die mit teilweise sehr schweren Schusswechseln einhergingen, welche bis zu 18 Stunden andauerten. Als Ergebnis verkündeten die Einsatzkräfte, dass durch diese Maßnahmen mehrere mutmaßliche Terroristen unschädlich gemacht werden konnten und 500 kg Sprengstoff sichergestellt wurde. Wenige Tage später, am 17.09.2009, kam es zu erneuten Auseinandersetzungen zwischen indonesischen Spezialeinheiten und mutmaßlichen Terroristen am Rande der javanischen Stadt Solo. Dabei kam auch der meistgesuchte Terrorist Südostasiens Noordin Top aus Malaysia ums Leben, der als Verantwortlicher für die Bombenanschläge auf Bali in den Jahren 2002 sowie 2005 gilt. Des weiteren soll er der Bombenexperte und wichtigste Anwerber bzw. Geldbeschaffer der Jemaah Islamiyah gewesen sein, der ebenfalls für die Anschläge auf das Marriott-Hotel und die australische Botschaft in Jakarta in den Jahren 2003 sowie 2004 sowie die oben genannten Selbstmordattentate im Juli 2009 in der indonesischen Hauptstadt verantwortlich zeichnete.
Bei einem Anti-Terror-Einsatz der indonesischen Polizei, welcher im Vorfeld eines beabsichtigten Besuches des amerikanischen Präsidenten Barack Obama durchgeführt wurde, kam es am 09.03.2010 erneut zu Schusswechseln, als mehrere Terrorverdächtige versuchten, sich mit Waffengewalt ihrer Verhaftung zu entziehen. Bei dieser Polizeiaktion in einem Internet-Cafe der javanischen Ortschaft Pamulang (nahe Jakarta) wurde auch der derzeit meistgesuchte Terrorist Dulmatin getötet, welcher als mutmaßlichen Anführer der Extremistengruppe Jemaah Islamiah galt. Er stand in dem Verdacht, als Bombenbauer aktiv an der Planung und Ausführung der Bali-Attentate im Jahre 2002 beteiligt gewesen zu sein.